急性细菌性前列腺炎由于其临床表现明显和典型，易做出诊断;慢性前列腺炎综合征的临床特点变异较大，且不确切，许多症状，体征和病理学检查在慢性细菌性前列腺炎，非细菌性前列腺炎和前列腺痛中经常无法鉴别，放射学和尿道膀胱镜检查，对诊断可能有一些帮助，但也不能肯定诊断，前列腺组织学检查只在一些少见类型的前列腺炎，如肉芽肿型前列腺炎才需要，在慢性细菌性前列腺炎组织学改变对确定炎症为细菌病因并无特异性，1组连续162例前列腺增生手术切除，发现前列腺炎症发病率98%，观察到有6种明确的炎症形态学类型，但前列腺细菌感染培养阳性和阴性无明显差异，大多数病例炎症反应是局灶性的，仅累及整个前列腺的小部分，因此前列腺活检在前列腺炎处理上很少有指导意义，前列腺活检标本组织培养对慢性前列腺炎诊断价值很小。
鉴别诊断
1.急性细菌性前列腺炎的鉴别诊断
(1)急性肾盂肾炎：也表现为急性的畏寒，发热，伴尿频，尿急和尿痛，通常还表现为患侧腰酸，腰痛;而非耻骨上，会阴部疼痛，且无排尿困难，直肠指检无前列腺压痛，前列腺液检查正常。
(2)脓肾：也表现为急性的畏寒，发热，伴尿频，尿急和尿痛，还表现为明显的患侧腰痛;而无耻骨上，会阴部疼痛，无排尿困难，直肠指检无前列腺压痛，前列腺液检查正常。
(3)前列腺脓肿：也表现为急性的畏寒，发热.伴尿频，尿急和尿痛，是急性前列腺炎发展的结果，经直肠B超，CT检查可见前列腺内有液性占位，穿刺抽出脓液可以明确诊断。
2.慢性细菌性前列腺炎的鉴别诊断
(1)前列腺癌：晚期也表现为排尿不适，可有尿频，尿急，排尿困难，直肠指检发现前列腺质地较硬，可有结节;血清PSA明显升高，经直肠B超可见前列腺内有不均质光团，前列腺穿刺活检可确诊。
(2)前列腺结核：也表现为尿频，尿急，尿痛伴尿道滴液，有下腹及会阴部疼痛，通常有泌尿生殖系结核病史，直肠指检可发现前列腺有不规则的结节，前列腺液中可找到抗酸杆菌。
(3)慢性无菌性前列腺炎：也表现为尿频伴尿道滴液，有下腹及会阴部疼痛，两者主要根据VB1，EPS，VB3的细菌培养进行鉴别，无菌性前列腺炎的VB1，EPS，VB3的细菌培养均为阴性。
(4)前列腺增生症：也表现为尿频伴排尿不畅，多发生于老年男性，以排尿不畅为主，直肠指检发现前列腺明显增大，而前列腺液常规一般无白细胞。
(5)精囊炎：也表现为尿频，尿急，尿痛伴尿道滴液，有下腹及会阴部疼痛，常有血精，且精囊液检查可见红细胞和白细胞。
(6)慢性膀胱炎：也表现为尿频，尿急，尿痛伴有下腹及会阴部疼痛，VBl，VB3均可见白细胞，培养有细菌生长，但EPS检查正常。
3.无菌性前列腺炎的鉴别诊断
(1)慢性细菌性前列腺炎：也表现为尿频，尿急，尿痛伴尿道滴液，有下腹及会阴部疼痛，两者主要根据VB1，EPS，VB3的细菌培养进行鉴别，慢性细菌性前列腺炎VB1可有或没有细菌，EPS通常有细菌生长，VB3的细菌培养为阳性;而慢性非细菌性前列腺炎VB1，EPS，VB3的细菌培养均为阴性。
(2)慢性膀胱炎：也表现为尿频，尿急，尿痛伴下腹及会阴部疼痛，但慢性膀胱炎VB1，VB3的细菌培养为阳性，而EPS无细菌生长。
(3)慢性尿道炎：也表现为尿频，尿急，尿痛，VB1的细菌培养为阳性，而VB3，EPS的细菌培养无细菌生长。
4.前列腺痛的鉴别诊断
慢性细菌性前列腺炎：也表现为尿频，尿急，伴下腹及会阴部疼痛，两者主要根据VB1，EPS，VB3的细菌培养进行鉴别，慢性细菌性前列腺炎其VB1可有或没有细菌，EPS通常有细菌生长，VB3的细菌培养为阳性;而前列腺痛患者的VBl，EPS，VB3的细菌培养均为阴性。